تشخیص CAPD اغلب دشوار است. نتایج آزمون‌ها می‌تواند مبهم بوده یا تفسیر آن‌ها دشوار باشد. از آنجا که CAPD در روش‌های تصویر برداری مغزی (برای مثال MRI و CT Scan) مشخص نمی‌شوند، برخی متخصصین آن را به عنوان یک ماهیت بالینی مشخص محسوب نمی‌کنند.
البته یافته‌های علمی جدید نشان می‌دهد که نمی‌توان در وجود CAPD شک نمود. در واقع بیماران مبتلا به CAPD مشکلات بارزی در شنیدن دارند که تأثیر منفی بر وضعیت آموزشی، اجتماعی و شغلی آنان می‌گذارد و این نقایص را نمی‌توان به دلیل وجود کم شنوایی یا دیگر عوامل به‌شمار آورد. نتایج آزمون‌های مرکزی شنوایی در این افراد نشان از اختلال در دستگاه عصبی مرکزی شنوایی دارد. ضمناً، بازنمایی عصبی اصوات در مغز افراد مبتلا به CAPD اغلب متفاوت از افراد هنجار است.
مهمترین چالش در CAPD، تشخیص دقیق آن است. دو چالش مهم دیگر در CAPD نیز عبارتند از: ۱) کودکان اغلب در آزمون‌های مرکزی شنوایی به دلایل غیر شنیداری مردود می‌شوند و ۲) گرایش زیادی برای تشخیص CAPD بر مبنای آزمون‌های غربالگری به جای آزمون‌های تشخیصی وجود دارد که قطعاً نمی‌تواند کارایی لازم را داشته باشد.
آزمون‌های CAPD باید دارای هنجارهای دقیق در رده‌های سنی مختلف باشند. ضمناً باید اعتبارسنجی آزمون‌های CAPD در کودکان مشکوک به این عارضه صورت پذیرد. از آنجا که CAPD در واقع اختلال در سیستم عصبی مرکزی شنوایی است، بنابراین تشخیص CAPD نیز باید روی موارد شناخته شده و قطعی اختلال در سیستم مرکزی شنوایی صورت گیرد. تشخیص CAPD باید به واسطه ابزارهایی صورت گیرد که اعتبار آن‌ها در شناسایی ضایعات دستگاه عصبی مرکزی مشخص شده باشد. متأسفانه ابزارهای تشخیصی موجود، امکان ارزیابی CAPD در کودکان کوچکتر از ۷ سال را میسر نمی‌کند زیرا در رشد مغز و دستگاه عصبی مرکزی افراد تغییرپذیری وجود دارد.