نقص آپولیپوپروتئین ب که گاه نقص خانوادگی آپولیپوپروتئین ب ۱۰۰ نیز خوانده می‌شود، ازجمله ناهنجاری‌های مادرزادی متابولیسم چربی هاست. این بیماری مانند نقص گیرنده لیپوپروتئین با تراکم پائین است. در هموزیگوتهای مبتلا، سطح کلسترول و خطر قلبی عروقی نظیر هتروزیگوتهای مبتلا به هیپرکلسترولمی فامیلی می‌باشد (قسمتی از عملکرد آپو E توسط آپو B جایگزین می‌شود).